茎基腐病是辣（甜）椒定植后经常发生的重要病害。菜农常称为“烂脚脖病”。主要症状是：接近地面茎秆部位褐变，根部是健康的，茎杆病斑逐渐凹陷成黑褐色，发生严重时染病部位绕茎扩散，表皮呈黑色腐烂，植株逐渐萎蔫枯死。
疑似症状】
辣椒植株从根部到茎秆均出现黑褐色病变，有环茎腐烂现象，但是没有达到茎秆接触地面部位，疑似茎基腐病，但是对照茎基腐病症状，茎秆和根部枯干性褐变，根部没有生命活性体征，此症应该是肥害病症。
辣椒秧根部及根上部病变，湿度大时呈水浸状，干燥时病变部位凹陷疑似茎基腐病。但是凹陷和水浸状是猝倒病的特征，同时此症发生在苗期，与猝倒病相符。
【发病原因】?
高温高湿、多雨、低洼黏重的土壤发病重。
通过浇水、雨水传播蔓延，进行再侵染。种植中平畦定植时浸浇大水，加之使用未腐熟的有机肥造成地面感染，随水污染秧苗。
定植时浇水温差大，夏季气温较高，秧苗长时间在炎热高温污水环境下浸泡和蒸腾造成茎基腐病大发生。严重的损失3－4成的秧苗，造成缺苗断垄，毁种现象发生普遍。
【防治方法】
生态防治：
1、高垄栽培。
定植时先洇地，在湿润土壤环境下采用栽苗覆土给小水的方法，这样有利于辣椒苗的扎根缓苗、壮秧。高温季节采用高垄栽培浇水可以避免井水的冷刺激，井水从沟中浸水到垄上水温已经缓和了许多温差，不会造成秧苗茎杆基部的温度剧烈刺激，降低幼苗的抗病性。也不会受浸泡的干扰感病。
2、把好浇水关。
定植早晨早浇水。露地和麦茬种植的辣椒，一般定植时间多在5月下旬或7月中下旬。此时的天气温度正值北方的高温盛夏季节，棚室的温度可高达60℃左右，低温也在50℃左右，抽上来的井水温度一般在15℃左右，中午浇水会对定植的秧苗在大于40℃土壤环境里直接冷刺激，使本来就因移栽而幼嫩的秧苗更弱。病菌就会乘虚而入。因此越夏栽培的浇水可尽量提早在清晨以减少温差。早春栽培的应尽可能的棚膜晒水提温浇苗。
3、基肥深施入土。
将腐熟好的有机肥与秸秆等一起深施入土、耙好，不要让有机肥，尤其是没有腐熟好的圈肥暴露在土壤表层，它会因高温产生有害气体对秧苗造成危害和污染。
4、清除病残体、及时排水。
药剂防治：
1、营养土消毒。
2、移栽前淋灌或浸盘。
在育苗时配好消毒苗床土，防治茎基腐病及苗期病害，除此之外，在移栽田间前应对定植苗进行预防用药。对苗盘、育苗辣椒苗可以用配好的68％金甲霜灵锰锌水分散粒剂600倍液进行浸盘浸根防治。
将配好的药液放置在一个大盆或开放的方形容器里，将苗盘放置盆中浸泡，以药液浸透时间3～5秒钟为适宜。也可以采用喷淋式淋根施药，即充分吸取药液后即可移栽。最好在移栽前淋灌主动预防效果好一些。
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3、定植前的地面药剂处理土壤表面防控方案：
即配制68％金甲霜灵锰锌水分散粒剂500倍液，或72％霜脲锰锌可湿性粉剂800倍液，或25％双炔酰菌胺悬浮剂1000倍液，或72.2%霜霉威水剂600倍液。或66.8％霉多克可湿性粉剂等喷雾或淋灌。对定植田间的定植穴坑进行封闭土壤表面喷施，而后进行秧苗定植，这种方法是当前菜农科技示范户生产操作中最有效的防控黑根黑脚脖病（茎基腐病）的经验。
4、发病后的救治：
保苗救秧。可选用可选用68％金甲霜灵锰锌水分散粒剂600倍液，或68.75％氟吡菌胺·霜霉威悬浮剂800倍液+25%嘧菌酯悬浮剂3000倍液淋喷。
